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以下を参考に。 tree.queryの戻り値は一つ目が距離の配列。２つ目がインデックスの配列。scipy.spatial.KDTree.query — SciPy v0.13.0 Reference Guide

コレクションのループと同時に要素番号も取得したい場合のforとか、 同時に二つのコレクションをループさせたい場合にzipを使うのとか、 参考になる。Pythonらしいコードの書き方 - Kesinの知見置き場

以下を参考にする。 http://laitaka777.hatenablog.com/entry/2013/09/15/164230